Türkiye’de Şeker Pancarı Üretim Alanlarında Enfeksiyon Oluşturan Beet Necrotic Yellow Vein Virus İzolatlarının P31 Geninin Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Vektör Polymyxa betae ile taşınan ve “rhizomania” olarak da adlandırılan hastalığa yol açan Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), Türkiye’de ve dünyada şeker pancarı üretim alanlarında sıklıkla rastlanan en tahripkar virüs hastalığıdır. Bu çalışmada, Türkiye’nin farklı coğrafik bölgelerinden elde edilen BNYVV izolatlarının, p31 geninin moleküler olarak karakterize edilmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla, BNYVV ile bulaşık olduğu bilinen 17 toprak örneği kullanılmıştır. Öncelikle, tuzak bitki testi yöntemine göre BNYVV izolatlarının yeniden çoğaltımı sağlanmıştır. BNYVV RNA-4’ü tarafından kodlanan p31 proteini, virüsün vektörle etkili olarak taşınması ve virülensi ile ilişkilidir. Bu çalışmada, 12 farklı izolatın p31 gen bölgesinin nükleotit dizileri elde edilmiştir. Bu izolatların dünya izolatları ile BLAST analizi ve elde edilen filogenetik ağaç, izolatları; Grup II ve Grup III olmak üzere iki farklı p31 grubuna ayrılmıştır. Grup II’de IGR-6, IGR-9 ve ERC-52 izolatları yer almış, Kas2 izolatı (Kazakistan) ile yüksek nükleotit benzerliğine (% 99.76-% 99.88) sahip olduğu belirlenmiştir. GZP-27, ELZ-44, SMS-61, EDR-125, BRS-148, CNK-150, KAS-281, KYS-524 ve ANK-617 izolatları ise Grup III’de yer almış, IV4 izolatı (İtalya) ile en yüksek benzerlik (% 99.88-% 100) göstermişlerdir. Yürütülen bu çalışma sonucunda, BNYVV izolatlarının p31 genom bölgesine göre genetik ilişkileri ortaya konulmuştur.