A Cross-Sectional Overview of SARS-CoV Genome Variations in Turkey

Abstract

Amaç: Türkiye kaynaklı SARS-CoV-2 genomik dizi çeşitli- liğinin ve epidemiyoloji, bağışık yanıt ve hastalık seyri üzerine muhtemel etkili varyasyonların incelenmesi. Gereç ve Yöntem: “Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data” (GISAID) veri tabanında yer alan tüm genom ve “Spike” (S) bölgesine ait verilere ulaşılarak uygun yazılımlar yardımıyla varyasyon ve muhtemel rekombinasyonlar araştırıldı. Bulgular: Toplam 410 tam genom ve 206 S bölgesi dizisi incelendi, 1200 farklı nükleotid düzeyinde varyasyon saptandı. Genom başına toplam varyasyon ortalaması 14.2 olarak hesaplandı ve salgının ilerleyişi süresince ista- tistiksel olarak anlamlı artış izlendi. En sık saptanan var- yasyonlar A23403G (D614G; 92.9,%), C14408T (P323L, 92.2%), C3037T (89.8%), C241T (83.4%) ve GGG28881AAC (RG203KR, 62.6%) olarak sıralandı. S bölgesi dizilerinde de A23403G, en yaygın varyasyon (%99) şeklinde izlendi. İncelenen genomların sıklıkla (%98.3) SARS-CoV-2 A haplogrubuna ait olduğu görüldü. Alt haplogrupları temsil eden genomlarda yapılan incelemelerde rekombinasyon bulgusu saptanmadı. Çalışma grubunda B.1.1.7, B.1.351 veP.1 varyantları tespit edildi. B.1.1.7 prevalansında izlenen zamanla ilişkili artış, istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuçlar: Çalışmada ülkemiz kaynaklı SARS-CoV-2 genomlarında belli başlı varyasyonlar belirlenmiş ve küre- sel virüs çeşitliliği ışığında değerlendirilmiştir. Kontrol ve aşılama çalışmaları ile eşzamanlı olarak önemli varyantların tanımlanabilmesi için, bölgesel epidemiyoloji ile uyumlu moleküler sürveyans çalışmaları sürdürülmelidir