Yersinia Ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde Rcr Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi

Abstract

Amaç: Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Y. ruckeri izolatlarını tiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Materyal ve Metot: Gökkuşağı alabalıklarından izole edilmiş on sekiz Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR metodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA PCR metodu ve (GTG)5 primerinin kullanıldığı (GTG)5 PCR metodu ile karakterize edildi. Bulgular: Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz için kullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y ruckeri'nin moleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG) 5 primerinin takip ettiği belirlendi. Sonuç: ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri'nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır. Anahtar Kelimeler: ERIC-PCR; (GTG)5-PCR; Moleküler tiplendirme; RAPD-PCR; Y. ruckeri

Aim: The aim of the present study was to evaluate different PCR-based DNA fingerprinting techniques for typing Y. ruckeri isolates from different geographic region of Turkey. Material and Method: Eighteen Y. ruckeri isolates obtained from rainbow trout were characterized by enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR with ERIC2 primer, randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA with P5, P6 and M13 primer and (GTG)5 PCR with (GTG)5 primer. Results: It was determined that all the primers tested generated an appropriate pattern of amplified products suitable for accurate analysis. Based on the results of cluster analysis and discriminant function analysis, ERIC2 primer was found to be the most suitable primer for molecular typing of Y. ruckeri, followed by P5, P6, M13, and (GTG)5 primer. Conclusion: In conclusion, the ERIC PCR DNA fingerprinting method can be considered as a powerful genotypic tool for epidemiological surveillance of Y. ruckeri. Keywords: ERIC-PCR; (GTG)5-PCR; Molecular typing; RAPD-PCR; Y. ruckeri