Çeltiklerde Bakteriyel Hastalık Etmenlerinin Tespiti, Tanısı, Bazı Çeltik Çeşitlerindeki Reaksiyonları ve Transpozon Gen Hareketlerinin Belirlenmesi

Abstract

Bu çalışma, çeltik bakteriyel hastalık etmenlerinin biyokimyasal ve moleküler tanılarını yapmak, elde edilen bakteriyel izolatların transpozon profillerini ve sahip oldukları transpozonların inokule edildikleri çeltik çeşitlerine aktarılıp aktarılmadığını belirlemek ve böylece transpozonların hastalık gelişimi ile ilişkisinin olup olmadığını ortaya koymak için yapılmıştır. Bu tez çalışması, çeltik üretiminin yoğun olarak yapıldığı Alaçam, Bafra, Çarşamba ve Terme ilçelerinden toplanan hastalıklı bitki örneklerinden yapılan izolasyonlar sonucunda Pantoea ananatis olarak 2, Pantoea agglomerans olarak 1, Pseudomonas oryzihabitans olarak 1 ve Bacillus pumilus olarak 2 izolat elde edilmiştir. Çeltik çeştilerinin yapraklarına Pantoea ananatis PaTo34.1a inokule edilerek, çeşitlerin genomlarındaki transpozon profillerindeki hareketliliği ve/veya değişikliği Nikita, Sukula, Hopi, Houba, Osr-30 ve RIRE isimli transpozon primer çiftleri kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca bakteriyel etmenlerin transpozon profillerindeki değişimler ve/veya hareketlilik Sire, Sire LTR-F, Sire LTR-R, GagF/envR, Nikita ve Sukkula transpozon primer çiftleri kullanılarak ortaya konmuştur. Böyle bir çalışmanın Türkiye'de daha önceden yapıldığına dair herhangi bir literatüre rastlanılmamıştır. Bu nedenle bu konu hakkında ileride yapılacak olan bilimsel çalışmalara veri kaynağı oluşturmasından dolayı büyük önem taşıdığı düşünülmektedir. Pantoea agglomerans PagK35b ve Pantoea ananatis PaTo34a1 izolatları Türkiye'de ilk kayıt olarak uluslararası indekse giren dergide yayımlanmış, Pseudomonas oryzihabitans isolat 29a ve Bacillus pumilus 19f ve 19d izolatları ise Türkiye'de ve Avrupa'da çeltik bitkisinde ilk kayıt olarak yayım aşamasındadır.This study was conducted to make biochemical and molecular identification of rice bacterial disease agents, to determine the transposon profiles of the obtained bacterial isolates and whether the their transposons are transferred to the inoculated rice genotypes and to determine whether the transposons are related to disease development. In this thesis, as a result of isolations from diseased plant samples collected from Alaçam, Bafra, Çarşamba and Terme districts where rice production was grown intensely, 2 isolates were identified as Pantoea ananatis, 1 as Pantoea agglomerans, 2 as Pseudomonas oryzihabitans and 2 as Bacillus pumilus. Pantoea ananatis PaTo34.1a was inoculated into the leaves of rice cultivars, and the mobility and / or change in transposon profiles in the genomes of the cultivars were determined using transposon primer pairs named Nikita, Sukula, Hopi, Houba, Osr-30 and RIRE. In addition, changes and / or mobility in transposon profiles of bacterial agents have been demonstrated using Sire, Sire LTR-F, Sire LTR-R, GagF / envR, Nikita and Sukkula transposon primer pairs. Such a study has not been found in any literature that previously made in Turkey. For this reason, it is considered to be of great importance as it constitutes a data source for future scientific studies on this subject. Pantoea agglomerans PagK35b and Pantoea ananatis PaTo34a1 isolates as the first record in Turkey has been published in journals in the international index and Pseudomonas oryzihabitans isolate 29a ve Bacillus pumilus isolates 19f and 19d are in the process of publication as the first record in the rice plant in Europe ve Turkey.