Sığır Orijinli Bacillus Anthracis İzolatlarının Antibiyotik Direnç Profillerinin ve Multiple-locus Variable-number Tandem Repeat Analysıs Yöntemi İle Genotiplerinin Belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada 229 şarbon şüpheli sığır numunesi konvansiyonel metotlarla izole ve identifiye edildi. İzolatlar RT-PCR ile moleküler olarak identifiye edildi ve MLVA25 metodu kullanarak genotiplendirildi. 36 izolat, 4 genotip grubunda dağılım gösterdi, 1. genotip grubu içerisinde sadece Tokat ilinden izole edilen bir suş yerleşim gösterdi. Sivas ve Kayseri illerinde tespit edilen 5 adet izolat ile GG-I içerisinde Tokat ilinden izole edilen suş ile benzer profilde olduğu belirlendi. 1'i Tokat ve 2'si Samsun izolatlarının oluşturduğu GG-II grubunun MLVA'ya göre genetik profili Güney Afrika, Almanya, İtalya ve Avusturya'da izole edilen suşlar ile genetik yakınlığı saptandı. GG-III içerisinde bulunan izolatların Fransa ve İtalya ülkelerinde izole edilen suşlar ile Türkiye'den Sivas ve Mersin illerinden izole edilen suşlar ile benzer genotipik profile sahip olduğu belirlendi. Araştırmada tespit edilen en geniş genotip grubu GG-IV grubu içerisinde bulunan suşların Namibya, Fransa, İtalya ülkelerinden ve Türkiye'de ise Sivas ve Kayseri illerinden izole edilen suşların genotip profilleri ile benzer profilde oldukları tespit edildi. 36 izolatın 5'i (% 13,88) tüm antibiyotiklere duyarlı olup, 21'i (% 58,33), 8'i (% 22,22), 6'sı (% 16,66), 3'ü (% 8,33), 2'si (% 5,55) ve 1'i (% 2,77) sırasıyla sefotaksim, tigesiklin, penisilin, gentamisin, doksisiklin ve eritromisine dirençli bulundu. İzolatların tamamının (% 100) siprofloksasin, vankomisin, levofloksasin, linezolid ve daptomisine karşı duyarlı olduğu tespit edildi. Bölgedeki mihraklardan izole edilen B. anthracis izolatlarında MLVA25 sonucuna göre yaygın genotipin GG-IV olduğu görüldü ve ülkemizden ve Avrupa ülkelerinden bildirilen genotip profillerine benzer olduğu tespit edildi. Penisiline karşı hayvan izolatlarında görülen dirençli suşların dikkat çekici olduğu, bu durumun da yüksek olasılıkla hayvanlarda bilinçsiz antibiyotik kullanımı ile yakından ilişkili olduğu değerlendirildi.

In this study, 229 anthrax suspected cattle samples were isolated and identified by conventional methods. The isolates were molecularly identified by RT-PCR and genotyped using the MLVA25 method. 36 isolates were distributed in 4 genotype groups, and only one strain isolated from Tokat province was located in the 1st genotype group. It was determined that 5 isolates detected in Sivas and Kayseri provinces had a similar profile to the strain isolated from Tokat province in GG-I. The genetic profile of the GG-II group, consisting of 1 isolate from Tokat and 2 isolates from Samsun, was determined to be genetically related to strains isolated in South Africa, Germany, Italy and Austria according to MLVA. It was determined that the isolates in GG-III had a similar genotypic profile to strains isolated in France and Italy and to strains isolated from Sivas and Mersin provinces in Turkey. The largest genotype group detected in the study, the GG-IV group, was found to have a similar genotype profile to the strains isolated from Namibia, France, Italy and Sivas and Kayseri provinces in Turkey. Of the 36 isolates, 5 (13.88%) were susceptible to all antibiotics, 21 (58.33%), 8 (22.22%), 6 (16.66%), 3 (8.33%), 2 (5.55%) and 1 (2.77%) were resistant to cefotaxime, tigecycline, penicillin, gentamicin, doxycycline and erythromycin, respectively. All isolates (100%) were found susceptible to ciprofloxacin, vancomycin, levofloxacin, linezolid and daptomycin. According to the MLVA25 result, the prevalent genotype in B. anthracis isolates isolated from outbreaks in the region was GG-IV and it was found to be similar to the genotype profiles reported from our country and European countries. It was evaluated that the resistant strains seen in animal isolates against penicillin were remarkable and that this situation was most probably closely related to the unconscious use of antibiotics in animals.