Metal (II) 3,4-Dimetoksibenzoatın Nikotinamid Komplekslerinin Hirshfeld Yüzey Analizi, Etkileşim Enerjisi Hesaplamaları ve İn Silico Anti-SARS-CoV-2 Potansiyelleri

Abstract

Bu çalışmada, kristal yapıları daha önce karakterize edilmiş olan metal (II) 3,4-dimetoksibenzoatın nikotinamid komplekslerinin moleküllerarası etkileşim türleri, moleküllerarası etkileşim enerjileri ve boşluk analizi CrystalExplorer programı (Versiyon 21.5) yardımıyla incelenmiştir. H…H, H…O/O…H, H…C/C…H, H…N/N…H, C…C, C…O/O…C, O…O ve C…N/N…C etkileşimleri, komplekslerin Hirshfeld yüzeyine katkıda bulunan moleküller arası etkileşimlerdir. Hesaplanan etkileşim enerjisi analizi sonuçlarına göre, toplam enerjiye en önemli katkıyı elektrostatik ve polarizasyon enerjileri sağlamaktadır. Çalışmada ayrıca, kompleks 1-3 ile SARS CoV-2'nin ana proteaz enzimi ve Omicron varyantının spike proteini arasındaki etkileşimler Moleküler docking çalışmaları ile incelenmiştir. Kompleks 1-3'ün, yükler arası çekim kuvvetleri, hidrojen bağı, elektrostatik ve hidrofobik etkileşimler yoluyla SARS-CoV-2'nin ana proteaz enzimi ve Omicron varyantının spike proteini ile etkileşime girdiği belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre özellikle kompleks 3 için ileri in vivo/in vitro çalışmalar önerilmektedir. Etkileşim enerjisi analizi ve moleküler docking çalışmaları sonucunda belirlenen sonuçlar komplekslerin yapısında bulunan hidrojen bağı donor akseptor gruplar vasıtasıyla oluşan hidrojen bağlarının gerek kristal paketin kararlılığına gerekse SARS CoV-2'nin önemli enzimlerini inhibe etmede önemli birer faktör olduğunu göstermektedir.