Akkaraman ve Morkaraman Koyun Irkları ile Kazak Edilbay Yerli Koyun Irkı Arasındaki Genetik Benzerliğin Mtdna D-loop Bölgesi Dna Dizi Analizi ile Araştırılması

Abstract

Mitokondriyal DNA, kökenlerinin belirlenmesi, biyocoğrafik dağılımlarının belirlenmesi, alt türler içerisindeki haplotiplerin belirlenmesi, popülasyonlar içindeki/arasındaki genetik çeşitliliğin hesaplanması, popülasyonların genetik benzerliklerinden yararlanılarak filogenetik ilişkilerin tespit edilmesi gibi çalışmalarda moleküler belirteç (özellikle D-loop ve Sitokrom b gen bölgeleri) olarak kullanılmaktadır. Bir türe veya farklı türlere ait ırkların genetik orijinlerinin belirlenmesinde mitokondrial DNA (mtDNA) ile ilgili birçok çalışma bulunmaktadır. Dolayısıyla bu çalışmanın amacı, Türkiye'de yetiştirilen Akkaraman ve Morkaraman yağlı kuyruklu koyun ırkları ile Kazakistan'da yetiştirilen yağlı kuyruklu Edilbay yerli koyun ırkı arasındaki genetik benzerliğin mtDNA D-Loop bölgesi DNA dizi analizi ile belirlenmesidir. Çalışmada Akkaraman, Morkaraman ve Kazak Edilbay ırkı koyun ve koçlardan alınan kan örnekleri deneme materyali olarak kullanımıştır. Alınan örneklerden 'tuz çöktürme' DNA izolasyonu prosedürü uygulanarak mitokondrial D-loop bölgesinin amplifikasyonu yapılmış ve sonrasında DNA dizisi ilgili bir takım moleküler veri analizler gerçekleştirilmiştir. Farklılık veya benzerlikleri daha iyi ayırt etmek adına DNA veri analizine pozitif kontrol olarak İvesi ırkı koyunların DNA'ları dahil edilmiştir. Analizler sonucunda çalışılan koyun popülasyonlarında toplam 40 polimorfik bölge ve 77 farklı haplotip tespit edilmiştir. Tüm popülasyonlar birlikte ele alındığında haplotip çeşitliliği ve nükleotid çeşitliliği 0,992±0,008 ve 0,01895 olarak hesaplanmıştır. Çalışılan popülasyonlardan birbirine en uzak popülasyonların İvesi ve Akkaraman popülasyonları olduğu tespit edilmiştir ve bu iki popülasyon arasındaki genetik mesafe 0,026 olarak hesaplanmıştır. Morkaraman ve Edilbay popülasyonları en yakın popülasyon olduğu ortaya konulmuştur. Aralarındaki genetik mesafenin 0,015 olarak tahmin edilmiştir. Çalışılan popülasyonlar içinde İvesi ırk koyunları hariç tüm koyunlarda tüm haplogruplar temsil edilmiş olup, B haplogrubu (% 42) olarak hesaplanmıştır.Mitochondrial DNA is used as a marker (especially D-loop and Cytochrome b gene segments) for determining origins, biogeographic distribution, haplotype identification within subspecies, and phylogenetic determination of genetic distribution within and between segments using genetic segments of segments. Numerous studies have used mitochondrial DNA (mtDNA) to determine the genetic origins of breeds belonging to the same species or different species. Therefore, the aim of this study is to determine the genetic similarity between the Akkaraman and Morkaraman fat-tailed sheep breeds raised in Turkey and the Edilbay fat-tailed indigenous sheep breed raised in Kazakhstan by DNA sequence analysis of the mtDNA D-Loop region. In the study, blood samples taken from Akkaraman, Morkaraman and Kazakh Edilbay breed sheep and rams were used as experimental material. A salt precipitation DNA extraction procedure was used to amplify the mitochondrial D-loop region from the collected samples, and then a series of molecular data analyses were performed on the DNA sequence. In order to better distinguish differences or similarities, DNAs of Awassi sheep were included as positive controls in the DNA data analysis. The results were evaluated to determine the genetic similarity and degree of relatedness between the breeds. As a result of the analyses, a total of 40 polymorphic regions and 77 different haplotypes were identified in the studied sheep populations. When all populations were considered together, haplotype diversity and nucleotide diversity were calculated as 0,992±0,008 and 0,01895. The Awassi and Akkaraman populations were found to be the most distant from each other, and the genetic distance between these two populations was calculated as 0,026. The Morkaraman and Edilbay populations were found to be the closest, with a genetic distance estimated as 0,015. Within the studied populations, all haplogroups were represented in all sheep except the Awassi sheep breeds, and haplogroup B (42%) was calculated.