Türkiye’den İzole Edilen İnfeksiyöz Pankreatik Nekrozis Viruslarının Tüm Genom Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

İnfeksiyöz pankreatik nekrozis virusu (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) balıklarda infeksiyöz pankreatik nekrozis (IPN) hastalığını oluşturmaktadır. IPN hastalığı Türkiye’de ilk kez 2002 yılında tespit edilmiştir. Bu çalışmada 2005 ve 2013 yılları arasında izolasyonu yapılan 10 adet IPNV izolatı RTG-2 hücre kültürlerinde üretildi. Hücre lizatlarından elde edilen RNA’lar kalıp olarak kullanılarak virusun VP1, VP2, VP3, VP4 ve VP5 genleri tam uzunlukta amplifiye edildi. Genlerin dizi analizleri gerçekleştirildi. Elde edilen sekanslar GenBank’tan sağlanan uluslararası referans suşlar ile karşılaştırılarak virusların filogenetik analizleri ve genogruplandırılmaları yapıldı. Türkiye izolatlarının moleküler yönden % 93,5 ile % 99,8 oranında genetik benzerlik gösterdiği saptandı. Segment A sekansları kendi aralarında % 97,8 ile % 99,8 oranında, uluslararası referans suşlarla karşılaştırıldığında ise en yüksek oranda (% 99,3) Fransa AJ622822 izolatı ile en düşük oranda (% 65,7) Kanada NC001915 izolatı ile benzerlik bulundu. Segment B sekansları kendi aralarında % 93,5 ile % 99,5 oranında, uluslararası referans suşlarla karşılaştırıldıklarında ise en yüksek oranda (% 98,9) Kanada M58757 izolatı ile en düşük oranda (% 52,7) Finlandiya KY548519 suşu ile benzerlik bulundu. Yapılan filogenetik analizler sonucunda Türkiye izolatlarının serotip A2 ve genogrup 5 içinde yerleştikleri Fransa, İspanya ve İran suşları ile yakın ilişkili oldukları belirlendi.