Bazı Kinolin Türevi Bileşiklerin Kristal Yapılarının, Covid-19'a Karşı Etkilerinin Deneysel ve Hesaplamalı Yöntemlerle İncelenmesi

Abstract

Bu tez çalışmasında, iki tane kinolin bileşikleri olan 5-((1H-imidazol-1-yl)metil) kinolin-8-ol) (C13H11N3O) ve 5-((1H-benzo[d][1,2,3]triazol-1-yl)metil)kinolin-8-ol (C16H12N4O) sentezlenmiştir. X-ışını kırınımı yöntemi ile sentezlenen organik bileşiklerin bağ uzunlukları, bağ açıları, torsiyon açıları, moleküller arası hidrojen bağları belirlenmiştir. Monoklinik sistemde uzay grubu P21/c olan C13H11N3O bileşiğin birim hücre parametreleri sırasıyla; a (Å); b (Å); c (Å); 10,2882 (5); 9,7521 (6); 11,0496 (5)'dir. Monoklinik sistemde uzay grubu P21/c olan C15H14N2O5 bileşiğin birim hücre parametreleri sırasıyla; a (Å); b (Å); c (Å); 4,7531 (4); 11,7276 (10); 27,359 (2)'dir. Bileşiklerin yapısı spektroskopik yöntemlerden ise ESI-MS, 1H- NMR, 13C-NMR ve FT-IR spektroskopisi ile aydınlatılmaya çalışılmıştır. Moleküller arası etkileşim hakkında ilave bir bilgi almamızı sağlayan üç boyutlu Hirshfeld yüzeyi ve 2 boyutlu gösterimi (parmak izi çizimi) CrystalExplorer3.1 programı kullanılarak oluşturulmuştur. Son olarak, C13H11N3O ve C16H12N4O ligandları ile COVID-19/6WCF ve COVID-19/6Y84 reseptörleri arasındaki moleküler yerleştirme/kenetlenme mekanizması, bu bileşiklerin aktif bölgelerdeki bağlanma modlarını araştırmak için çalışılmıştır.

In this thesis, two quinoline compounds 5-(1H-imidazol-1-yl)methyl)quinolin-8-ol, (C13H11N3O) and 5-((1H-benzo[d][1,2,3]triazol-1-yl)methyl)quinolin-8-ol, (C16H12N4O) were synthesized. Bond lengths, bond angles, torsion angles and intermolecular hydrogen bonds of synthesized organic compounds were investigated by X-ray diffraction method. In the monoclinic system, the unit cell parameters of the compound C13H11N3O with the space group P21/c are; a (Å); b (Å); c (Å); 10,2882 (5); 9,7521 (6); 11,0496 (5), respectively. In the monoclinic system, the unit cell parameters of the compound C16H12N4O with the space group P21/c are; a (Å); b (Å); c (Å); 64,7531 (4); 11,7276 (10); 27,359 (2), respectively. The molecular structures of these compounds were investigated by spectroscopic methods as ESI- MS, 1H-NMR, 13C-NMR and FT-IR spectroscopy. The three-dimensional Hirshfeld surfaces and their 2D representations (fingerprint drawing), which allow us to obtain additional information on intermolecular interactions, were created using the CrystalExplorer3.1 program. Finally, the molecular docking mechanism between C13H11N3O and C16H12N4O ligands and COVID-19/6WCF and COVID-19/6Y84 receptors were studied to explore the binding modes of these compounds at the active sites.