Yersinia Ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi

Abstract

Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Yersinia ruckeri izolatlarınıntiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Gökkuşağı alabalıklarından izoleedilmiş 18 Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCRmetodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA-PCR metodu ve (GTG)5primerinin kullanıldığı (GTG)5-PCR metodu ile karakterize edildi. Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz içinkullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y. ruckeri'ninmoleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG)5 primerinin takip ettiğibelirlendi. ERIC-PCR DNA fingerprinting metodunun Y. ruckeri’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü birgenotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.