Samsun İlinde Biber Alanlarında Enfeksiyon Oluşturan Potato Virus Y Patotiplerinin Belirlenmesi ve Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Potato virus Y (PVY), biberde en fazla zarar oluşturan virüs türleri arasında yer almaktadır. PVY biber izolatları, pvr2- eIF4E lokusundaki, pvr21 ve pvr22 dayanıklılık genlerine sahip biber genotiplerinin verdikleri reaksiyonlara göre üç ayrı patotip altında sınıflandırılmaktadır. Bu çalışmada, Samsun ilinde biberde enfeksiyon oluşturan PVY patotiplerinin belirlenmesi amacıyla 2010 ve 2011 yıllarında toplam 1012 yaprak örneği toplanmış ve daha sonra örnekler, PVY’ye spesifik poliklonal antiserum kullanılarak DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Test sonucunda, 2010 yılında alınan örneklerin%11.9’unun, 2011 yılında ise %5.8’inin PVY ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Çoğaltımı sağlanan 13 PVY izolatı, patotip ayrım setindeki bitkilere inokule edilmiştir. Bu bitkilerin reaksiyonlarına ve ELISA sonuçlarına göre izolatların 9’nun Patotip 0 (PVY-0)’a, 4’ünün ise Patotip 1 (PVY-1)’e ait olduğu saptanmıştır. Ayrıca PVY-0 ve PVY-1 patotiplerine ait ikişer izolatın kılıf protein (CP) gen bölgesinin nükleotid dizileri elde edilmiştir. Nükleotid BLAST analizi, PVY-0 patotipine ait SÇ-9 izolatı ve PVY- 1 patotipine ait SÇ-84 ve SÇ-87 nolu izolatların, Türkiye orjinli Tu12.3 biber izolatı ve İspanya orjinli LYE 84.2 domates izolatı ile genetik benzerlik (% 97-98) gösterdiğini; PVY-0 patotipine ait SB-63 nolu izolatın ise ABD ve Polonya’da patateste belirlenen NTN ırkına ait izolatlar ile % 99 benzer olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca uygulanan filogenetik analiz, SÇ-9, SÇ-84 ve SÇ-87 izolatlarının PVY’nin C grup izolatları ile, SB-63 izolatının ise N grubundaki izolatlar ile aynı grupta kümelendiğini göstermiştir