Klinik Öneme Sahip Nocardia Suşlarının Nümerik Taksonomisi

Abstract

KIİNİK ÖNEME SAHİP NOCARDİA SUŞLARININ NÜMERİK TAKSONOMİSİ ÖZET Nocardia'lar aerobik, katalaz-pozitif, hareketsiz, gram boyamada gram değişkenden gram pozitife kadar sonuç veren ve tipik olarak büyüme devrinin bazı safhalarında asit-alkol dirençli mikroorganizmalardır. Klinik açıdan önemli Nocardia cinsi hücre duvarında mikolik asit içeren Mycolata grubunun bir üyesidir. Klinik öneme sahip Nocardia* lar la ilgili uluslararası literatürde birçok çalışmaya rastlanılmıştır. Belirlenebildiği kadarıyla Türkiye'de Nocardia,mn nümerik taksonomisi ile ilgili önceden yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır. Türkiye'nin 10 forklı ilinden alınan toprak örnekleri ve Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji bölümünden sağlanan 37 °C'de 3 günlük inkübasyonla kanlı ağarda üretilen klinik izolatlar olmak üzere, bu çalışmada iki çeşit izolat kullanıldı. Toprak örnekleri dilüsyon plak yöntemiyle incelendi ve her bir seyreltme cycloheximide (50 ug nü'1) ve rifampicin (0.5 ug mi'1) ilaveli kuru nişasta- kazein agar üzerine transfer edilerek 14 gün boyunca 25 °C'de inkübe edildi Nümerik analizler için 69 toprak test izolatı, 7 klinik örnek, 15 tip örneği, 7 referans suş ve rastgele seçilen 10 duplike sustan oluşan toplam 108 test organizmasına 149 birim karakter içeren morfolojik, pigmentasyon, fizyolojik, beslenme, biyokimyasal ve degredasyon testleri uygulanmıştır. Elde edilen test sonuçları, X-Taxon programında Ssm-UPGMA analizleri ile değerlendirilmiş ve kümelemeler NTSys-pc programı ile elde edilmiştir. % 80 yüksek benzerlik değeriyle anlamlı bir şekilde toprak ve klinik örneklerinin dağılımını veren SsıvrUPGMA analizleri smıflandırmada temel olarak kullamlmıştır. Yüksek test hatalı testler ve duplikat suşlann çıkarılmasıyla 131 birim karakter ve 98 test organizmasından oluşan son veri matriksi, 6 büyük (5-17 suş), 8 küçük (2-4 suş) ve 30 tek üyeli kümeye ayrılmıştır. Anahtar Kelimeler: Nocardia, Nümerik Taksonomi, Mycolata

11 NUMERICAL TAXONOMY OF CLINICALLY SIGNIFICANT NOCARDIA STRAINS ABSTRACT Nocardia are aerobic, catalase-positive, non-motile, gram-variable to gram- positive microorganisms and are typically acid-alcohol fast at some stage of growth cycle. Clinically significant genus Nocardia is a member of Mycolata group containing mycolic acid their wall envelope. In international periodicals, many studies were seen about clinically significant Nocardia. As far as we know there is no previous numerically taxonomic study of Nocardia in Turkey. Two types of isolate were used in this study, one of which was soil samples taken from ten different cities of Turkey and the other was clinical samples grown at 37 °C after 3 days incubation on blood agar which were proven by Ege University, Medical School, Microbiology and Clinical Microbiology Department. Soil samples were examined by dilution plate method and each dilution was transferred to the surface of dried starch-casein agar supplemented with cycloheximide (50 ug ml'1) and rifempicin (0.5 ug ml'1) then incubated at 25 °C for 14 days. Total 108 test organisms, consist of 69 soil test isolates, 7 clinical samples, 15 type strains, 7 reference strains and randomly selected 10 duplicated organisms were examined for 149 unit characters including morphological, pigmentation, physiological, nutrient, biochemical and degradation tests for numerical analyses. Obtained test results were evaluated using SsntUPGMA analyses on the X-Taxon and clustering was achieved by NTSys-pc program. SsivrUPGMA analyses were used as the baseline classification as it gave meaningful clustering separation of soil and clinical samples with a high similarity values (80 %). Excluding duplicated strains and the tests with high test errors from the final data matrix which includes 131 unit characters and 98 strains were assigned to 6 major (5-17 strains), 8 minor (2-4 strains) and 30 single membered clusters (SMC). Key words: Nocardia, Numerical Taxonomy, Mycolata