Karayaka Koyun Populasyonlarında Genetik Varyasyonun RAPD Yöntemiyle Analizi

Abstract

KARAYAKA KOYUN POPULASYONLARINDA GENETİK VARYASYONUN RAPD (RASGELE ÇOĞALTILMIŞ POLİMORFİK DNA) YÖNTEMİYLE ANALİZİ ÖZET Bu çalışmada 5 Karayaka koyunu genotipinde genetik benzerliğin değerlendirilmesi ve bölgedeki Karayaka koyun populasyonlarına ait mevcut genetik varyasyonun ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmanın materyalini oluşturan populasyonlar, örneklerin alındığı 3 bölge ile ilgili olarak Bafra I, Bafra II, Ladik I, Ladik II ve Kampus isimleriyle kodlanmıştır. Çalışmada Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) metodu uygulanmış ve OP-AI ile OP-D serisi 10 mer'lik 40 RAPD primer kullanılmıştır. Kan örneklerinden DNA'nın özütlenmesi için fenol-kloroform yöntemi kullanılmış, DNA çoğaltımı ise Hybaid PCR Express cihazında yapılmıştır Çoğaltılmış DNA fragmentleri %1,5'lik agaroz jelde ayrımlanmış ve ethidium bromide ile boyanmıştır. Bantlar UV transmilunatör kullanılarak görünür hale getirilmiştir. Bantların varlığında '1', yokluğunda '0' olacak şekilde veri matriksi hazırlanmış ve bu matriks kullanılarak benzerlik matriksleri hesaplanmıştır. Her populasyona ait toplam bant sayıları X2 istatistiki testi ile karşılaştırmıştır. Çalışma sonucunda en fazla bant sayısı Bafra II populasyonunda (24) ve en düşük bant sayısı Ladik I (14) populasyonunda gözlenmiştir. Populasyonlara ait genetik benzerlik oranları 0,25 ile 0,6677 arasında varyasyon göstermiştir. Ladik I ve Ladik II populasyonları % 66,67 oranıyla birbirlerine en fazla benzeyen populasyonlar olarak ortaya çıkmıştır. En düşük benzerlik katsayısının ise % 25 ile Kampus ve Ladik II populasyonları arasında olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar, dendogram şeklinde ifade edilmiştir. Anahtar sözcükler: Genetik benzerlik, Karayaka Koyunu, Polimorfizm, RAPD.n ANALYSIS OF GENETIC VARIATIONS IN KARAYAKA SHEEP POPULATIONS BY RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) ABSTRACT The study is to aim to utilize the genetic similarity in 5 genotypes of Karayaka and to express the genetic variation existed of Karayaka sheep population in the region. The populations used in the study were taken from different regions and referred as Bafra I, Bafra II, Ladik I, Ladik II, Kampus. In the study, RAPD Method was applied for using the 40 primers named OP-AI and OP-D series of decamers. DNA extraction from blood samples was done using phenol-chloroform method and the DNA amplifications were performed in Hybaid PCR Express. The amplified DNA fragments were seperated on 1,5% agarose gel and stained with ethidium bromide. The amplified pattren was visualized on a UV transilluminator. The precense of a band of amplified DNA was scored as '1' and absence as '0'. The data matrix was used for calculation of similarity matrix. Total band number of each population was compared to each other using X2 statistical test. In the result of study, the highest number of bands screen in Bafra II population (24) and the lowest one was seen in Ladik I (14) population. The genetic similarity of the populations showed a variation between 0,25 to 0,6677. Ladik I and Ladik II populations was seen to show the highest genetic similarity among populations with 66,77%. The lowest similarity was seen between Kampus and Ladik II populations. Keywords: Genetic similarity, Karayaka sheep, Polymorphism, RAPD. n