Karadeniz Bölgesi'ndeki Gökkuşağı Alabalıklarında Aquareovirus Enfeksiyonlarının Varlığının Araştırılması

Abstract

Aquareovirus A (AqRV A) Spinareoviridae ailesinde yer alan 11 segmentli çift iplikçikli RNA içeren zarfsız bir virus olup çeşitli somon türleri ve yumuşakçalar arasında düşük veya orta düzeyde hastalıklara neden olduğu bilinmektedir. Dünya çapında tatlı su ve tuzlu su kökenli su hayvanlarından izole edilen daha önce ülkemizde bildirilmemiş olan AqRV A'nın ülkemizdeki varlığı hakkında bir çalışma bulunmamaktadır. Bu amaçla ülkemizde yetiştiriciliği yapılan ve tezgahlarda satılan porsiyon boy ve daha üzeri gökkuşağı alabalıklarında AqRV A enfeksiyonlarının varlığı moleküler olarak araştırıldı. Karadeniz Bölgesinde bulunan 7 ilde (Sinop, Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon, Rize, Artvin) yetiştiriciliği yapılan gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) satılan balıkçı tezgahlarından her ilden 30 gökkuşağı alabalığı olacak şekilde toplamda 210 adet örnekleme yapıldı. Balıkların nekropsisi sonucu karaciğer, dalak, ön böbrek ve kalp alındı. 5 balık organlarından 1 havuz olacak şekilde organlar 1 tüpte toplandı. Toplanan örneklerle yapılan RT-PCR testleri sonucunda pozitif kontrol çalıştı ve 4 havuzda (Trabzon 3, Trabzon 6, Rize 3 ve Rize 5) viral yük saptandı. Pozitiflik rastlanan havuzlar açılarak hepsine tek tek tekrar RNA ekstraksiyonu ve RT-PCR yapıldı. Trabzon'da 7 balık, Rize'de ise 10 balık pozitif olarak tespit edildi. Yapılan filogenetik analiz sonucunda virusların Chum salmon aquareovirus ile yüzde 98,18 benzerlik tespit edildi. Ayrıca nekropsi sonucunda pozitiflik rastlanan iki balık karaciğerinde lezyonlar saptandı. Bu tez çalışması ile Türkiye'de ilk kez gökkuşağı alabalıklarında AqRV A tespiti yapılmıştır

Aquareovirus A (AqRV A) is a non-envelope virus containing 11 segmented double-stranded RNA, belonging to the family Spinareoviridae, known to cause low or moderately severe diseases among various salmon species and mollusks. There is no study regarding the presence of AqRV A, isolated from freshwater and saltwater-origin aquatic animals worldwide, which is highly virulent in its hosts and has never been reported in Turkiye before. Therefore, this study aimed to investigate the existence of AqRV A infections in rainbow trout, portion-sized and larger, cultivated and sold in our country. A total of 120 samples were collected, 30 rainbow trout from each of the 7 provinces (Sinop, Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon, Rize, Artvin) in the Black Sea Region where rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) are cultivated. Following the necropsy of the fish, liver, spleen, anterior kidney, and heart were collected. Organs from 5 fish were combined into one pool in a tube. RT-PCR tests were conducted on the collected samples, including a positive control, and viral load was detected in 4 pools (Trabzon 3, Trabzon 6, Rize 3, and Rize 5). Each pool showing positivity underwent individual RNA extraction and nested RT-PCR. Consequently, 7 fish from Trabzon and 10 fish from Rize were identified as positive. The similarity of the viruses was determined to be 98.18% with Chum salmon aquareovirus. The obtained sequences were uploaded to GenBank, obtaining accession numbers. This thesis marks the first detection of Aquareovirus A in rainbow trout in Turkey.