Fungal sistematikteki moleküler gelişmeler

Abstract

Son yıllarda moleküler biyolojide yaşanan baş döndürücü gelişmeler biyolojinin bütün alanlarını olumlu yönde etkilemiştir. Bu gelişmeler fungal sistematikte de etkisini göstererek hızlı ve güvenilir teşhislere olanak sağlamıştır. Moleküler çalışmalar yaygınlaşmadan önce morfolojiye ve biyokimyasal tekniklere dayalı araştırmalar yoğun olarak yapılmaktaydı. Ancak bu çalışmalarda özellikle morfolojik olarak yapılan gözlemlerle sonuçlara ulaşmak hem fazlasıyla deneyim hem de oldukça fazla zaman gerektirmekte, ayrıca sonuçlar zaman zaman araştırıcılara göre farlılıklar gösterebilmekteydi. Bu nedenlerle artık geleneksel yöntemlerin yanısıra moleküler yöntemler de fungal sistematikte sıkça kullanılmaya başlanmıştır. Bunlardan bazıları, giderek yaygın bir kullanım alanı bulan PCR temelli teknikler ve özellikle DNA dizileme çalışmalarıdır. Fungal sistematikte, değişikliğin ilk meydana geldiği moleküller olan DNA üzerinde çalışmalar yapmak, hem güvenilir hem de hızlı sonuçlar elde etmemizi sağlamaktadır. DNA molekülünde organizmaların evrimini yansıtabilecek türe özgü bölgeler (evrimsel kronometre) olduğu için taksonomik çalışmalarda tercih edilmektedir. Fungal sistematikte en çok tercih edilen bölge ribozomal DNA (rDNA) birimi içinde yer alan 18S rDNA’nın yanısıra Internal Transcribed Spacer (ITS)’dır. Kodlanmayan bölge olan ITS daha hızlı evrim geçiren bir bölge olup bir tür içindeki suşların yada bir cins içindeki fungal türlerin karşılaştırılması için kullanışlıdır. Moleküler yöntemlerdeki bu gelişmeler, özellikle ekonomik öneme sahip bitkilerde büyük hasara neden olan ve ürün kalitesini etkileyen hastalık etmeni fungusların kısa süre içinde teşhisinde ve bu doğrultuda önlemlerin alınmasında da faydalı olmuştur.

Amazing developments in molecular biology have affected whole fields of biology positively in recent years. These developments have also showed their effects on fungal systematic and provided fast and reliable identifications. Before molecular studies, morphologic and biochemical techniques have been extensively used in researchs. But it was hard to obtain results, especially with the morphological examinations, and lost of time, experience have been required in these studies. The results of these studies have also been subjective, some times showing inconsistencies among the researchers. For these reasons, molecular techniques have started to used commonly with conventional techniques in fungal systematics. Some of these are, they are used in common recently, those based on PCR techniques and especially DNA sequences studies. In fungal systematics, it is both more reliable and less time consuming to work on DNA; the first molecule the changes have occured. DNA molecule has been preferred for taxonomic studies because there are species-specific (evolutionary chronometer) regions which reflects the evolution of the organisms. The most common regions used in fungal systematics are 18S rDNA and internal transcribed spacer (ITS) of rDNA. ITS being the noncoding region evolves faster and is useful for comparing the strains of a species or species in a genus. These developments in molecular biology have provided rapid methods for identification of plant pathogenic fungi causing quality and yield reduction of economically important crops.