Koyun ve keçilerde ayak çürüğü vakalarından dichelobacter nodosus izolasyonu ve karakterizasyonu

Abstract

Ayak çürüğü, koyun ve keçilerde anaerobik bir bakteri olan Dichelobacter nodosus'un neden olduğu bulaşıcı bir hastalıktır. Bu çalışma, Samsun İli ve çevresinde koyun ve keçilerdeki ayak çürüğü vakalarından aşı çalışmalarında kullanılmak üzere D. nodosus'un izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla Samsun İli'ne bağlı 5 ilçede 27 çiftlik örnekleme için ziyaret edildi. Ayak problemi olan toplam 84 koyun ve 4 keçinin interdigital bölgesinden ve özellikle lezyonlu kısımlarından svaplar alındı. Toplanan materyaller, %10 koyun kanlı Eugon agara ekildi ve anaerobik ortamda 37°C'de en az 4-7 gün inkübe edildi. İdentifikasyon amacıyla tipik D. nodosus kolonileri seçildi. Seçilen izolatların identifikasyonu, D. nodosus'a özgü 16S rRNA genini hedefleyen PCR ile gerçekleştirildi. PCR ile tür düzeyinde identifikasyon sonucunda 10 adet bakteri D. nodosus olarak tanımlandı. D. nodosus izolatları multipleks PCR yöntemi ile serogruplandırıldı. Yedi izolat serogrup D, iki izolat serogrup H olarak tanımlandı. Bir izolat serogruplandırılamadı. D. nodosus izolatlarının virülensi, virülanta spesifik klon pV470-13 (Vf1/Vr1, Vf2/Vr2), benign spesifik klon pB645-335 (Bf/Br), intA, aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B genlerinin varlığı ile genotipik olarak belirlendi. PCR sonuçlarına göre dokuz izolatın intA genini içerdiği belirlendi. Aynı üç izolat aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B için pozitif sonuç verdi. Ayrıca, virülent spesifik klon pV470-13'te bulunan Vf1/Vr1 primerleri ile beş izolatın pozitif olduğu saptandı. İzolatların filogenetik yakınlıkları RAPD-PCR ile %70-91 olarak belirlendi. Sonuç olarak Samsun'da footrot olgularından D. nodosus serogrup D ve H'nin baskın olduğu ve olası aşı çalışmalarında bu serogrupların hedeflenmesi gerektiği kanısına varıldı. Anahtar Sözcükler: Aşı, Dichelobacter nodosus, karakterizasyon, piyeten

Foot rot is a contagious disease of sheep and goats caused by the anaerobic bacterium Dichelobacter nodosus. This study has been conducted for the isolation and molecular characterization of D. nodosus to be used in the selection of vaccine strains from footrot cases of sheep in Samsun province. For this purpose, 27 farms in 5 districts of Samsun were visited for sampling. Swabs were taken from the interdigital region and especially from the lesioned parts of a total of 84 sheep and 4 goats with foot problems. The collected materials were inoculated on eugon agar with 10% sheep blood and incubated in anaerobic jars at 37°C for at least 4-7 days. Typical D. nodosus colonies were selected for identification. Identification of selected isolates was carried out by identification of the D. nodosus specific 16S rRNA gene. The bacterium isolated from 10 samples as a result of the identification at the species level by PCR was defined as D. nodosus. D. nodosus isolates were serogrouped by multiplex PCR method. Seven isolates were defined as serogroup D, and two isolates as serogroup H. One isolate could not be serogrouped. The virulence of D. nodosus isolates was determined genotypically by the presence of the genes of virulent-specific clon pV470-13 (Vf1/Vr1, Vf2/Vr2), benign-specific clon pB645-335 (Bf/Br), intA, aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B. According to the PCR results for virulence determination, nine isolates contained intA gene. Same three isolates were positive for aprV2/B2, aprV5/B5, bprV/B. Also, five isolates were found as positive with the primers of Vf1/Vr1 found in virulent-specific clon pV470-13. The phylogenetic relations of the isolates were determined as 70-91% by RAPD-PCR. In conclusion, it was determined that D. nodosus group D and group H from footrot cases were dominant in Samsun, and these serogroups should be targeted in possible vaccine studies. Keywords: Characterization, Dichelobacter nodosus, Foot-rot, Vaccine