Farklı habitatlardan nocardia izolasyonu ve nümerik taksonomisi / Alif Demir; Danışman Kamil Işık
Özet
Nocardia cinsi günümüzde fenotipik ve genotipik metotların uygulanmasıyla oldukça iyi tanımlanmıştır.Aerobik katalaz-pozitif, gram boyamada pozitif ve değişken sonuç veren ve büyüme devrelerinin aşamalarında asit-alkol dirençli olan mikroorganizmalardır.Mycolata grubunun bir üyesi olan Nocardia cinsi fırsatçı patojen olması nedeniyle klinik ve aynı zamanda doğadaki organik madde döngüsündeki yeri açısından önemlidirler.Toprak örnekleri Legüminaceae familyasına ait 9 farklı bitkinin rizosfer toprağı (Samsun,İzmir), Ege Üniversitesi Botanik bahçesi toprağı (İzmir), Damlataş Mağarası (Mersin) ve Ataş Petrol Rafinerisi (Mersin) toprakları olmak üzere 12 farklı habitattan ve Türkiye'nin 3 farklı ilinden alınmıştır.Ayrıca araştırma laboratuarlarımızda kayıtlı olan Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji bölümünden sağlanan klinik izolatlar ve Peker'in (2003) toprak izolatlarında rastgele seçilenler olmak üzere bu çalışmada üç çeşit izolat kullanıldı.Toprak örnekleri dilüsyon plak yöntemiyle incelendi ve her bir seyreltme cyclohexemide (50 µg ml¯¹), rifampicin (0.5 µg ml¯¹) ve nystatin (0.5 µg ml¯¹) ilaveli kuru nişaşta kazein agar üzerine transfer edilerek 14 gün boyunca 28 ºC'de inkübe edildi.Nümerik analizler için 87 toprak test izolatı 7 klinik suş, 6 referans suş, 16 tip suşu ve rastgele seçilen 10 duplike suştan oluşan toplam 19 test organizmasının 99 birim karakter içeren morfolojik, pigmentasyon,fizyolojik, beslenme, biyokimyasal ve degredasyon testleri uygulanmıştır.Elde edilen test sonuçları X-Taxon programında Ssm-COMPLETE analizleri ile değerlendirilmiş ve kümeler NTSys-pc programı ile elde edilmiştir. %78 benzerlik 8 büyük (5-11 suş), 5 küçük (2-4 suş) ve 24 tek üyeli kümeye ayrılmıştır.
