Rhizoctonia solani ve binükleat rRhizoctonia anastomosis grupları arasındaki filogenetik ilişkilerin 18S rDNA dizi analizi ile belirlenmesi / Eda Uğurtay; Danışman İbrahim Özkoç

Abstract

Bu çalışmada, multinükleat ve binükleat Rhizoctonia spp. anastomoz grupları ve intraspesifik gruplar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlemesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, dünyanın farklı bölgelerinden izole edilmiş olan, 45 Rhizoctonia spp. temsilci izolatı kullanılmıştır. Temsilci izolatların 18S rDNA baz dizileri belirlenmiş ve filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu amaçla, 18S rDNA bölgesinin amplifikasyon ve dizi analizi için oligonükleotit primerler NS1, NS3, NS4 ve NS8 kullanılmıştır. Filogenetik analizler ise, PAUP V. 40b10 programında maksimum parsimoni ve neighbour joining algoritmaları kullanılarak gerçekleştirilmiştir.Evrimsel olarak korunmuş olması sebebiyle 18S rDNA, Rhizoctonia spp.’deki genetik çeşitliliğin anlaşılması için önemli bir bilgi kaynağıdır.Bu gruptaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde daha önce ITS ve 28S rDNA dizileri kullanılmıştır. Bu çalışmada, ilk defa 18S rDNA dizisinin tamamı kullanılarak sonuçlar değerlendirilmiştir.Elde edilen sonuçlar, geleneksel anastomoz grubu sınıflandırmasını büyük ölçüde desteklemektedir. Fakat binükleat AG Fa, AG Fb ve AG I izolatlarının filogenetik açıdan multinükleat Rhizoctonia izolatları ile daha yakın ilişkili olduğu ve belirli anastomoz gruplarının monofiletik olmadıkları gözlenmiştir.