Doğu Karadeniz Bölgesi Yayla Topraklarından Farklı Aktinomiset İzolatlarının 16s Rdna Gen Bölgesine Dayalı Filogenetik Analizleri

Abstract

Bu çalışmada, Doğu Karadeniz Bölgesi yayla topraklarından farklı aktinomiset gruplarını elde etmek için farklı besiyeri ortamları ve sükroz gradient yöntemi uygulanarak izolasyon çalışması yapılmıştır.Elde edilen izolatlardan koloni morfolojileri ve renk pigmentlerine göre seçilen organizmaların DNA'ları, ?Guanidin Thiosiyanat DNA İzolasyon Metodu'' modifiye edilerek elde edilmiştir.Seçilen test organizmalarının araştırılması amacıyla, moleküler taksonomik yöntemlerden 16S rDNA analizi yöntemi uygulanmıştır. 16S rDNA nükleotit dizileri Sequencer 4.10.1 ve Mega 4.1 programlarında gerçekleştirilmiştir. Ayrıca Ez Taxon Server 2.1 kullanılarak test izolatlarına en yakın akraba olan türlerin 16S rDNA gen dizileri ilgili web adreslerinden indirilerek elde edilmişlerdir. 16S rDNA nükleotit dizileri ile filogenetik ağaçlar neighbor-joining algoritması kullanılarak oluşturulmuştur.Filogenetik analizler sonucu elde edilen 20 organizmadan iki tanesinin Actinomadura, üç tanesinin Kribbella, 11 tanesinin Micromonospora, bir tanesinin Microbacterium ve üç tanesinin Nocardia cinsine ait olduğu belirlenmiştir. Elde edilen toprak izolatlarının aktinomiset taksonomisine katkıda bulunması beklenmektedir.

In order to obtain different actinomycetes isolates from East Blacksea region plateau soil, an isolation study was carried out by using sucrose gradient method and different growth media.Genomic DNA from bacteria selected according to colony morphologies and pigments was obtained by modifying ?Guanidine Thiocyanate DNA Isolation Method?.A molecular taxonomic method, 16S rDNA gene sequencing, was applied to investigate selected test organisms. 16S rDNA gene sequences from different isolates were analysed by using Sequencher 4.10.1 and Mega 4.1. In addition, 16S rDNA gene sequences of test isolates were compared with those of close relatives obtained from Ez Taxon Server 2.1. Phylogenetic dendrograms based on 16S rDNA nucleotide sequences were constructed by using neighbour-joining algorithm.In the light of phylogenetic analyses, it was determined that out of 20 organisms, two belong to Actinomadura, three Kribbella, 11 Micromonospora, three Nocardia and an organism Microbacterium. It is expected that soil isolates obtained from this study contribute to taxonomy of actinomycetes.