Fındık Bitkisinde Yaprak Açım Zamanıyla İlgili Transkripsiyon Faktörlerinin Biyoinformatik Araçlarla Belirlenmesi

Abstract

Transkripsiyon faktörleri genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA'daki belli bir diziye bağlanabilen proteinlerdir. bHLH, NAC, AP2, MYB ve WRKY transkripsiyon ailelerinin üyeleri, strese tepki ve gelişimin düzenlenmesi de dahil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçlerde önemli roller üstlenmektedirler. Birçok ökaryotik canlı bu ailenin proteinlerini taşıyorsa da, AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB aileinin üyelerinin biyolojik işlevleri her bitkide kapsamlı bir şekilde değerlendirilmemiştir. Bu tez çalışmasında, biyoinformatik araçlar ile AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB genlerinin in silico analizleri yapılmıştır. Karşılaştırmalı ifade analizi için Palaz, Tombul ve Çakıldak genotipleri kullanılmıştır. In silico karşılaştırmalı genomik araçlar kullanarak 76 AP2, 62 bHLH, 53 NAC, 105 MYB ve 43 WRKY transkripsiyon faktörü ailesine ait protein kodlayan genler belirlenmiştir. In silico analizlerinden sonra filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur ve 3D protein homolojisi görselleştirilmiştir. Son olarak AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB ailesi genlerinin ekspresyon seviyeleri in silico ve qRT-PCR analizi ile değerlendirilmiştir.

Transcription factors are proteins that can bind to a particular sequence in DNA to regulate the transcription of genes. Members of the bHLH, NAC, AP2, MYB, and WRKY transcription gene families play crucial roles in a variety of biological processes, including regulation of stress response and development. Although many eukaryotes carry proteins of this family, the biological functions of AP2, bHLH, NAC, WRKY, and MYB family members have not been deeply assessed in plants. In this thesis, in silico analyzes of AP2, bHLH, NAC, WRKY and MYB genes were performed by bioinformatics analyzes. For comparative expression analysis, Palaz, Tombul and Çakıldak genotypes were used. Using in silico comparative genomic tools, genes encoding proteins from 76 AP2, 62 bHLH, 53 NAC, 105 MWB, 43 WRKY transcription factor families have been identified. After in silico analysis phylogenetic trees were created and 3D protein homology visualized. Finally, the expression levels of the AP2, bHLH, NAC, WRKY, and MYB family genes were evaluated by in silico and qRT-PCR analysis.