Karadeniz sahil şeridinde fasulye bitkisi ve rizosfer bölgesinden izole edilen multinükleat rhizoctonia spp'nin genetik çeşitliliğinin belirlenmesi / Melike Çebi Kılıçoğlu

Abstract

Bu çalışmada, Karadeniz sahil şeridindeki hastalıklı fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkilerinden elde edilen 116 Rhizoctonia izolatı hifal anastomoz reaksiyonlarına göre R.solani AG–4, AG–6 ve R. Circinata anastomoz grubuna dâhil edildi. İzolatların altgruplarına ayırımında ise rDNA-ITS bölgesinin PCR-RFLP şablonlarından yaralanıldı. Bu amaçla Rhizoctoni izolatlarına ait genomik DNA kullanılarak, PCR ile ITS–1 ve ITS–4 evrensel primerleri kullanılarak ITS1–5.8S-ITS2 bölgesinin yaklaşık 700bp’lik amplifikasyon ürünü elde edildi. PCR ürünü Msel, HincII, AvaII ve MfeI reaksiyon endonükleazları ile reaksiyona tabi tutuldu. Bu çalışmada daha önce AG-4’ün alt grup ayırımında kullanılan enzimler haricinde AvaII restriksiyon endonükleazının da alt grup ayırımında etkili olduğu belirlendi. Böylece anastomoz tiplendirilmesiyle AG–4 olarak gruplandırılan izolatların HG-I ve HG-II olarak alt gruplarına atrılması sağlanmış oldu.Seçilen Rhizoctonia izolatlarının ITS1–5.8S-ITS2 rDNA bölgesindeki dizi varyasyonu incelendi. Amplifikasyon ürünlerinin DNA dizilemesi Macrogen Inc (Korea) tarafından yapıldı. NCBI GenBank’dan alınan Rhizoctonia ITS1–5.8s-ITS2 dizileri ve bu çalışmada elde edilen izolatların ITS1–5.8S-ITS2 dizileri ClustalX programı kullanılarak hizalandı ve filogenetik ağaçları elde etmek için parsinomi ve distance analizi kullanıldı. AG–4 izolatları bilinen AG–4 alt grupları olarak üç ana klada ayrıldı. Diğer izolatlar AG–6 ve R. Circinata’ya aitti.Yapılan in vitro patojenite denemeleri sonucunda AG–4 izolatlarının fasulyede en yüksek derecede virülent olduğu belirlendi. Çalışmamızda elde edilen izolatların çoğunu oluşturan AG–4 HG-I Karadeniz Sahil şeridinde fasulye bitkisini en çok enfekte eden grup olarak belirlendi.